Высшим органом управления Ассоциации является Общее собрание членов Ассоциации. Общее собрание членов Ассоциации определяет приоритетные направления деятельности Ассоциации, принципы формирования и использования имущества Ассоциации, формирует состав членов Ассоциации, утверждает годовой план работы и финансовую отчетность Ассоциации, а также избирает Председателя Ассоциации.

Председатель Ассоциации (Кулибаев Тимур Аскарович) представляет интересы Ассоциации, а также ее членов в отношениях с государственными органами, объединениями юридических лиц, иностранными и международными организациями, формирует состав Совета Ассоциации и Исполнительного комитета Ассоциации.

Совет Ассоциации является консультативно-совещательным органом, возглавляемым Председателем Ассоциации. Совет Ассоциации дает рекомендации и консультации по ее деятельности, дает предложения по вопросам, вынесенным на рассмотрение Председателем Ассоциации, рассматривает заявления кандидатов на соответствие их деятельности целям и задачам Ассоциации.

Исполнительный комитет осуществляет текущую деятельность Ассоциации. Руководство деятельностью Исполнительного комитета осуществляет Генеральный директор (Сарсенов Джамбулат Жакиевич), в основные обязанности которого входит организация выполнения решений Общего собрания и Совета Ассоциации.

Основная работа Ассоциации осущесвляется посредством семи Координационных Советов, в состав которых вошли члены Ассоциации и широкий круг заинтересованных лиц энергетического сообщества.